Bäckar och åar skiljer sig från sjöar genom att vattnet hela tiden är i rörelse. De skiktningar som sker under året i en sjö uppstår inte när vattnet rör sig. Dessutom utsätts bäckar och åar för variationer i vattenstånd. Vårfloden kan för många vattendrag i Sverige vara dramatisk, speciellt i Norrland. På vissa platser kan vattendragen vara lugna och ekosystemen som utvecklas påminner då om sjöar. Temperaturen, som i sjöar kan variera på olika djup, är mer konstant i vattendrag. Syrgashalten är sällan något problem i strömmande vatten där forsar ser till att vattnet syresätts genom omrörning. Laxfiskar och andra arter med stort syrebehov förekommer ofta i vattendrag.
Lax, Salmo salar
Lax, öring och andra laxartade fiskar trivs i rinnande vatten med god syretillgång. Laxen växer upp i havet och vandrar upp längs vattendrag för att leka. En helt insjöbunden laxstam finns i Vänern.
I små bäckar finns en form av öring som kallas bäcköring. Den blir vanligen något mindre än insjööringen. Det strömmande vattnet för ofta med sig näring som fiskarna nedströms kan tillgodogöra sig.
Syresättning i vattendrag
Rinnande vatten syresätts effektivt och genom att det rör sig hindras den skiktning som utmärker stillastående vatten.
Vattenkraftverk är det främsta hotet mot ekosystem i rinnande vatten. Sveriges Riksdag har därför beslutat att de fyra outbyggda norrlandsälvarna skall lämnas orörda så att framtida generationer kan uppleva vattenmiljöer som på de flesta håll i Europa gått förlorade.
Till vänster Pite älv vid Ljusselforsen. Till höger den gamla älvfåran vid Harsprånget, Stora Lule älv.
Nattslända
Nattsländor förekommer allmänt i både sjöar och strömmande vatten. Husmaskar är nattsländornas larver som bygger in sig i skyddande skal av grus eller växtdelar.
Knottlarver sitter på stenar i strömmen och fångar små näringspartiklar. Eftersom de bara får ut några procent av näringen i födan kommer även deras exkrementer (bajs), att innehålla en hel del näring. Exkrementerna är mycket större än de partiklar knotten lever av. Avföringen utgör näring för större organismer som inte kan utnyttja så små näringspartiklar som knottlarverna kan göra. Man har uppskattat att det i Vindelälven transporteras upp till 100 ton knottexkrementer per dygn vid en given plats. Knotten koncentrerar alltså födan så att även större djur kan leva i älven.
Flodpärlmussla är en av de arter som lever i rinnande vatten och har ett intressant samspel med fiskar. När musslor fortplantar sig släpper hannen iväg mängder med spermier rätt ut i vattnet. Honan filtrerar vattnet och får på så sätt i sig spermierna som då befruktar hennes ägg. De befruktade äggen utvecklas i honan till små larver som släpps ut i vattnet. Larverna fäster vid gälarna på öringar eller laxar och lever där som parasiter i upp till ett år. När de släpper från gälarna singlar de ned till bottnen och lever sedan på den platsen resten av livet. På det här sättet kan de spridas uppströms i floder. Flodpärlmusslor kan bli upp till 150 år. På grund av den specialiserade livscykeln kan dessa musslor bara leva i vattendrag som också har öring eller lax. Utbyggnad av dammar och kraftstationer har gjort att båda dessa fiskarter försvunnit från många vattendrag varför också flodpärlmusslorna minskat. Musslorna drabbades tidigare även av timmerflottning. Bark lossnade från stammarna och lade sig på bottnen. Bottenmiljön förändrades och syrebrist uppstod när barken bröts ned.